돈암서원은 사계선생께서 세상을 떠난후 제자들이 선생을 추모하며 기리기 위하여 사우를 건립한뒤 위패를 모시고 제사를 지내며 내려오다가 사당앞에 강당을 세우고 선생의 학문을 배우며 서로 뜻을 이어 내려 왔다 하며 그 당시에는 현재의 임리1구(숲말) 249번지에 있었는데 원우(院宇)서북쪽에 돈암이라는 큰 바위가 있어 서원의 이름을 돈암(遯巖)이라 하였다 한다. 돈암서원에는 본전이라하여 네분의 위패를 모신 12칸의 건물이 있고, 양성당 10칸, 응도당이라 하여 유생을 가리치던 큰강당이 24칸이 있다. 장판각(藏板閣)은 사계 신독재 선생의 전서판목(전서판목)을 보관하던 곳으로 12칸, 사계선생의 도덕을 상징하여 만든 산앙루(山仰樓) 누각이 있고, 정회당은 8칸의 건물로 유생들의 휴식소였으며 내삼문은 3칸으로 본전으로 들어가는 문이고, 외삼문은 3칸으로 본 서원의 정문이다. 이곳의 건축은 조선시대의 대표적인 건물로 이곳의 한옥을 본따 용인민속촌에도 똑같은 건물을 지었다 한다. 그 후 오랜 세월이 지남에 따라 지대가 얕아 장마철에는 홍수가 뜰에까지 넘쳐들어 1881년(고종18년)에 현재 자리로 옮겨 지었다.그 당시 응도당은 구조가 오랜 고대 가옥제도를 본따서 지어 너무 웅장하고 크고 넓고 하여 옮겨 짓기가 어려워 사당앞에 모형적으로 세운 것이 현재의 강당이라고 전해지고 있다. 그리고 양성당은 사계 선생께서 건립하신 작은 강당이었는데 오랜 세월이 지나는 동안 폐허가 되어 없어지고 강당 이름만 전해 내려온 것으로 이름없는 빈강당에 액자만 걸어 놓았던 것인데 이 강당도 1971년 현재의 위치로 옮겨 옛모습을 나타내고 있다.이 서원에는 조선왕조로부터 하사받은 자색의 큰 벼루가 있는데 포도의 조각이 되어 있고 모양이 우아하며 제사때만 사용하고 있다. 또한 서원은 선현봉사와 자제교육에 목적이 있는데 후세에는 유림들의 당쟁 등 세력확장의 중심지로 되어가 대원군때에는 47개 서원만을 남기고 600여개소의 서원을 모두 철폐하였다 이때에 논산에 있던 서원중 철폐되지 않고 남아있던 서원은 연산의 돈암서원과 광석의 노강서원뿐이다. 돈암서원은 1634년(인조12년)에 창건하였으며 1660년(현종 원년)에 사액되어 사계 김장생선생을 주향으로 하고 신독재 김집, 동춘당 송준길, 우암 송시열선생 네분을 모시고 (음) 3월, 8월에 문묘석존의례에 따라 제향하고 있다