선현께 제사지내고 학문을 이어받고자 설립한 조선시대 사립교육기관으로 인조 12년(1634)에 세웠다. 김장생(1548∼1631)의 학문과 덕행을 기리기 위해 처음 세웠으나, 훗날 제사를 지내는 유경사에 김집, 송준길, 송시열의 위패를 추가 배향하였다. 현종 1년(1660) 임금에게 ‘돈암’이라는 이름을 하사받으며 사액서원으로 승격되었고, 흥선대원군의 서원철폐령이 내려졌을 때에도 없어지지 않은 47개 서원 중 하나이다. 돈암서원은 조선 중기 이후 많은 인물을 배출한 유서 깊은 곳으로 해마다 2월과 8월에 제사를 지내고 있다. 조선 인조 12년(1634) 창건, 현종 원년(1660)에 사액을 받았다. 호서 기호학파의 대표적 서원으로 사계 김장생, 신독재 김집, 우암 송시열, 동춘당 송준길등 네분의 위폐를 모셔 제향하고 있다. 고종 17년(1880)에 홍수로 서원앞의 사계천이 범람하자 현재 위치하고 있는 곳으로 원형대로 이건했다. 조선중기 이후 상신(相臣) 9명, 대제학 5명, 열사 2명 등의 많은 인물을 배출한 기호지장의 대표적 서원으로, 1973년 돈암서원 사우와 함께 도유형문화재로 지정관리되던중 93년 돈암서원지역이 국가사적으로 지정되면서 해제되었다가 재지정되었다.